論文 - 佐藤　行人

DNA metabarcoding analysis revealed a silent prevalence of environmental pathogenic Leptospira in urban area of Okinawa Island, Japan

Yukuto Sato, Yuiko Hiyajo, Taisei Tengan, Tsurua Yoshida, Yoichiro Uchima, Michinari Tokeshi, Kaori Tsurui-Sato, Claudia Toma

One Health ( Elsevier )  20 ( 101016 ) 1 - 9   2025年03月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 20K12258, 23H03589, 23K28279, 24K03131

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Omnivorous food habits of the endangered Ryukyu long-furred rat Diplothrix legata (Muridae) estimated using the DNA metabarcoding method

Shun Kobayashi, Yukuto Sato, Masako Izawa

Omnivorous Food Habits of the Endangered Ryukyu Long-Furred Rat Diplothrix legata (Muridae) Estimated Using the DNA Metabarcoding Method ( The Mammal Society of Japan (MSJ) )  50 ( 2 ) 1 - 14   2024年10月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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A systematic survey of environmental DNA in Palau's lakes and waterfalls reveals an increase in Leptospira levels after flooding

Yukuto Sato, Kaori Tsurui-Sato, Yoichiro Uchima, Cheryl-Ann Udui, Osiro Lorin, Kashgar Rengulbai, Claudia Toma, Ryo Suzuki

One Health ( Elsevier )  19 ( 100898 ) 1 - 9   2024年09月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 20K12258, 23K28279

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環境 DNA 分析による宜野湾市大山のタイモ水田用水路の魚類および十脚甲殻類相調査

永井大翔・佐藤行人・今井秀行・梶田忠

水生動物   AA2024-20   1 - 13   2024年08月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 20K12258, 21KK0115

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Complete genome sequence of a metallo-β-lactamase-producing Aeromonas dhakensis strain, RYU-Ah62, isolated from a patient with an abdominal abscess

Naoya Nishiyama, Kohei Uechi, Wakako Arakaki, Daisuke Utsumi, Yukuto Sato, Masashi Nakamatsu, Takeshi Kinjo, Kazuko Yamamoto

Microbiology Resource Announcements   13 ( 7 ) 1 - 3   2024年06月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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環境DNA分析によるグッピー Poecilia reticulata のオプシン遺伝子 LWS-1 多型の検出

鶴井（佐藤）香織・佐藤 行人・勝部 尚隆・立田 晴記・辻 和希

魚類学雑誌 ( 日本魚類学会 )  71 ( 1 ) 81 - 96   2024年04月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 17K19298, 20K12258, 23H03589

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Seasonal diet partition among top predators of a small island, Iriomote Island in the Ryukyu Archipelago, Japan

Alisa Tobe, Yukuto Sato, Nakatada Wachi, Nozomi Nakanishi, Masako Izawa

Scientific Reports   14 ( 7727 ) 1 - 12   2024年04月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 17K19298, 20K12258, 23H03589

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Animal-sourced model of human norovirus infection predicted using environmental DNA metabarcoding analysis

Yukuto Sato, Jun Yasuda, Masahiro Sakurai

Journal of Freshwater Ecology ( Taylor & Francis )  39 ( 2293171 ) 1 - 12   2023年12月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 15K18590, 17K19298, 20K12258, 23H03589

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MitoFish, MitoAnnotator, and MiFish Pipeline: Updates in ten years

Tao Zhu, Yukuto Sato, Tetsuya Sado, Masaki Miya, Wataru Iwasaki

Molecular Biology and Evolution   43   msad03   2023年02月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Population admixtures in medaka inferred by multiple arbitrary amplicon sequencing

Shingo Fujimoto, Hajime Yaguchi, Taijun Myosho, Hiroaki Aoyama, Yukuto Sato, Ryosuke Kimura

Scientific Reports   12   19989   2022年11月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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The emergence of a cryptic lineage and cytonuclear discordance through past hybridization in the Japanese fire-bellied newt, Cynops pyrrhogaster (Amphibia: Urodela)

Atsushi Tominaga, Natsuhiko Yoshikawa, Masafumi Matsui, Nobuaki Nagata, Yukuto Sato

Biological Journal of the Linnean Society     2022年10月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Omics profiles of fecal and oral microbiota change in irritable bowel syndrome patients with diarrhea and symptom exacerbation

Yukari Tanaka, Riu Yamashita, Junko Kawashima, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Shinji Fukuda, Yasuhiro Gotoh, Keiji Nakamura, Tetsuya Hayashi, Yoshiyuki Kasahara, Yukuto Sato, Shin Fukudo

Journal of Gastroenterology   57   748 - 760   2022年07月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Analysis of human clinical and environmental Leptospira to elucidate the eco-epidemiology of leptospirosis in Yaeyama, subtropical Japan

Yukuto Sato, Idam Hermawan, Tetsuya Kakita, Sho Okano, Hideyuki Imai, Hiroto Nagai, Ryosuke Kimura, Tetsu Yamashiro, Tadashi Kajita, Claudia Toma

PLOS Neglected Tropical Diseases ( PLoS, Public Library of Science )  16 ( 3 ) e0010234 - 24   2022年03月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 20K12258, 21H02732

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Development and evaluation of Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) assay for quick identification of Japanese salamander, Hynobius tokyoensis

Tomoya Suzuki, Kanto Nishikawa, Yukuto Sato, Mamoru Toda

Genes & Genetic Systems   96 ( 5 ) 247 - 252   2021年11月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

Population genetic structure and evolution of Batesian mimicry in Papilio polytes from the Ryukyu Islands, Japan, analyzed by genotyping‐by‐sequencing

Yukuto Sato, Kaori Tsurui‐Sato, Mitsuho Katoh, Ryosuke Kimura, Haruki Tatsuta, Kazuki Tsuji (担当範囲: Conceptualization, data curation, formal analysis, investigation, resources, software, visualization, writing– original draft, writing–review and editing)

Ecology and Evolution   11   872 - 886   2020年12月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Batesian mimicry is a striking example of Darwinian evolution, receiving protection from predators. We found that the swallowtail butterfly #IPapilio polytes#IR, which shows polymorphic Batesian mimicry, has the mimic ratios explained by the model species abundance of each habitat, rather than isolation by distance or phylogenetic constraint in the Ryukyu Islands, Japan. Our results support the possibility that predation pressure, not neutral factors, is a major driving force of evolution of the Batesian mimicry in #IP. polytes#IR populations of the Ryukyus.

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Understanding leptospirosis eco-epidemiology by environmental DNA metabarcoding of irrigation water from two agro-ecological regions of Sri Lanka

Chandika D. Gamage, Yukuto Sato, Ryosuke Kimura, Tetsu Yamashiro, Claudia Toma (担当範囲: Conceptualization, Data curation, Formal analysis, Funding acquisition, Investigation, Methodology, Software, Visualization, Writing – original draft, Writing – review & editing)

PLOS Neglected Tropical Diseases   14 ( 7 ) e0008437   2020年07月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: JP17K19298

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Development of 22 microsatellite markers for assessing hybridization in the genus Gekko (Squamata: Gekkonidae)

Kota Okamoto, Takaki Kurita, Masahiro Nagano, Yukuto Sato, Hiroaki Aoyama, Seikoh Saitoh, Naoya Shinzato, Mamoru Toda (担当範囲: data curation, resources, software, writing–review and editing)

Current Herpetology ( Herpetological Society of Japan )  39 ( 1 ) 66 - 74   2020年02月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

Environmental DNA metabarcoding to detect pathogenic Leptospira and associated organisms in leptospirosis-endemic areas of Japan

Yukuto Sato, Masaru Mizuyama, Megumi Sato, Toshifumi Minamoto, Ryosuke Kimura, Claudia Toma

Scientific Reports   9 ( 1 ) 6575   2019年04月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 17K19298

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Evidence for frequency‐dependent selection maintaining polymorphism in the Batesian mimic Papilio polytes in multiple islands in the Ryukyus, Japan

Kaori Tsurui-Sato, Yukuto Sato, Emi Kato, Mitsuho Katoh, Ryosuke Kimura, Haruki Tatsuta, and Kazuki Tsuji

Ecology and Evolution   9 ( 10 ) 5991 - 6002   2019年04月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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MitoFish and MiFish pipeline: a mitochondrial genome database of fish with an analysis pipeline for environmental DNA metabarcoding

Yukuto Sato, Masaki Miya, Tsukasa Fukunaga, Tetsuya Sado, Wataru Iwasaki

Molecular Biology and Evolution ( Oxford University Press )  35 ( 6 ) 1553 - 1555   2018年04月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 15K18590, 17K19298

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Comparing local- and regional-scale estimations of thediversity of stream fish using eDNA metabarcoding and conventional observation methods

Hikaru Nakagawa, Satoshi Yamamoto, Yukuto Sato, Tetsuya Sado, Toshifumi Minamoto, Masaki Miya

Freshwater Biology   63 ( 6 ) 569 - 580   2018年02月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 15K18590, 17K19298

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Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis 'Somei-yoshino' across the Japanese archipelago.

Ohta T, Kawashima T, Shinozaki NO, Dobashi A, Hiraoka S, Hoshino T, Kanno K, Kataoka T, Kawashima S, Matsui M, Nemoto W, Nishijima S, Suganuma N, Suzuki H, Taguchi YH, Takenaka Y, Tanigawa Y, Tsuneyoshi M, Yoshitake K, Sato Y, Yamashita R, Arakawa K, Iwasaki W

Journal of Plant Research     2018年02月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Identification of somatic mutations in postmortem human brains by whole genome sequencing and their implications for psychiatric disorders.

Nishioka M, Bundo M, Ueda J, Katsuoka F, Sato Y, Kuroki Y, Ishii T, Ukai W, Murayama S, Hashimoto E, Nagasaki M, Yasuda J, Kasai K, Kato T, Iwamoto K

Psychiatry and clinical neurosciences     2017年12月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Environmental DNA enables detection of terrestrial mammals from forest pond water

Masayuki Ushio, Hisato Fukuda, Toshiki Inoue, Kobayashi Makoto, Osamu Kishida, Keiichi Sato, Koichi Murata, Masato Nikaido, Tetsuya Sado, Yukuto Sato, Masamichi Takeshita, Wataru Iwasaki, Hiroki Yamanaka, Michio Kondoh, and Masaki Miya

Molecular Ecology Resources   17 ( 6 ) e63 - e75   2017年11月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 15K18590, 17K19298

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Environmental DNA metabarcoding reveals local fish communities in a species-rich coastal sea.

Satoshi Yamamoto, Reiji Masuda, Yukuto Sato, Tetsuya Sado, Hitoshi Araki, Michio Kondoh, Toshifumi Minamoto and Masaki Miya

Scientific Reports   7   40368   2017年01月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 15K18590, 17K19298

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Monitoring of minimal residual disease in early T-cell precursor acute lymphoblastic leukaemia by next-generation sequencing.

Xiaoqing Pan, Naoki Nariai, Noriko Fukuhara, Sakae Saito, Yukuto Sato, Fumiki Katsuoka, Kaname Kojima, Yoko Kuroki, Inaho Danjoh, Rumiko Saito, Shin Hasegawa, Yoko Okitsu, Aiko Kondo, Yasushi Onishi, Fuji Nagami, Hideyasu Kiyomoto, Atsushi Hozawa, Nobuo Fuse, Masao Nagasaki, Ritsuko Shimizu, Jun Yasuda, Hideo Harigae, Masayuki Yamamoto

British Journal of Haematology   176 ( 2 ) 318 - 321   2017年01月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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環境DNA解析のインパクト

岩崎渉, 佐藤行人, 源利文, 山中裕樹, 荒木仁志, 宮正樹

実験医学   34 ( 1 ) 103 - 107   2016年01月

掲載種別: 研究論文（その他学術会議資料等）

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  J-GLOBAL

Comparison of Boiling and Robotics Automation Method in DNA Extraction for Metagenomic Sequencing of Human Oral Microbes.

Junya Yamagishi, Yukuto Sato, Natsuko Shinozaki, Bin Ye, Akito Tsuboi, Masao Nagasaki, and Riu Yamashita

PloS one   11 ( 4 ) e0154389   2016年 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Rapid genome reshaping by multiple-gene loss after whole-genome duplication in teleost fish suggested by mathematical modeling.

Jun Inoue, Yukuto Sato, Robert Sinclair, Katsumi Tsukamoto and Mutsumi Nishida

PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)   112 ( 48 ) 14918 - 23   2015年12月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 22770237, 24770070

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Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals.

Nagasaki M, Yasuda J, Katsuoka F, Nariai N, Kojima K, Kawai Y, Yamaguchi-Kabata Y, Yokozawa J, Danjoh I, Saito S, Sato Y, Mimori T, Tsuda K, Saito R, Pan X, Nishikawa S, Ito S, Kuroki Y, Tanabe O, Fuse N, Kuriyama S, Kiyomoto H, Hozawa A, Minegishi N, Douglas Engel J, Kinoshita K, Kure S, Yaegashi N, ToMMo Japanese Reference Panel Project., Yamamoto M

Nature communications   6   8018   2015年08月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: Detection of >230 subtropical marine species

Masaki Miya, Yukuto Sato, Tsukasa Fukunaga, Tetsuya Sado, Keiichi Sato, Toshifumi Minamoto, Satoshi Yamamoto, Hiroaki Yamanaka, Hitoshi Araki, Michio Kondoh, Wataru Iwasaki

Royal Society Open Science   2   150088   2015年07月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 15K18590

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Estimating copy numbers of alleles from population-scale high-throughput sequencing data.

Mimori T, Nariai N, Kojima K, Sato Y, Kawai Y, Yamaguchi-Kabata Y, Nagasaki M

BMC bioinformatics   16 Suppl 1   S4   2015年

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Inter-Individual Differences in the Oral Bacteriome Are Greater than Intra-Day Fluctuations in Individuals.

Yukuto Sato, Junya Yamagishi, Riu Yamashita, Natsuko Shinozaki, Bin Ye, Takuji Yamada, Masayuki Yamamoto, Masao Nagasaki, and Akito Tsuboi

PloS one   10 ( 6 ) e0131607   2015年 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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iJGVD: an integrative Japanese genome variation database based on whole-genome sequencing.

Yumi Yamaguchi-Kabata, Naoki Nariai, Yosuke Kawai, Yukuto Sato, Kaname Kojima, Minoru Tateno, Fumiki Katsuoka, Jun Yasuda, Masayuki Yamamoto, Masao Nagasaki

Human genome variation   2   15050   2015年 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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HLA-VBSeq: accurate HLA typing at full resolution from whole-genome sequencing data.

Nariai N, Kojima K, Saito S, Mimori T, Sato Y, Kawai Y, Yamaguchi-Kabata Y, Yasuda J, Nagasaki M

BMC genomics   16 Suppl 2   S7   2015年

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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TIGAR2: sensitive and accurate estimation of transcript isoform expression with longer RNA-Seq reads

Nariai Naoki, Kojima Kaname, Mimori Takahiro, Sato Yukuto, Kawai Yosuke, Yamaguchi-Kabata Yumi, Nagasaki Masao

BMC GENOMICS   15   S5   2014年12月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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SUGAR: graphical user interface-based data refiner for high-throughput DNA sequencing

Yukuto Sato, Kaname Kojima, Naoki Nariai, Yumi Yamaguchi-Kabata, Yosuke Kawai, Mamoru Takahashi, Takahiro Mimori and Masao Nagasaki

BMC Genomics   15   664   2014年12月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Validation of multiple single nucleotide variation calls by additional exome analysis with a semiconductor sequencer to supplement data of whole-genome sequencing of a human population

Motoike Ikuko N., Matsumoto Mitsuyo, Danjoh Inaho, Katsuoka Fumiki, Kojima Kaname, Nariai Naoki, Sato Yukuto, Yamaguchi-Kabata Yumi, Ito Shin, Kudo Hisaaki, Nishijima Ichiko, Nishikawa Satoshi, Pan Xiaoqing, Saito Rumiko, Saito Sakae, Saito Tomo, Shirota Matsuyuki, Tsuda Kaoru, Yokozawa Junji, Igarashi Kazuhiko, Minegishi Naoko, Tanabe Osamu, Fuse Nobuo, Nagasaki Masao, Kinoshita Kengo, Yasuda Jun, Yamamoto Masayuki

BMC GENOMICS   15   673   2014年08月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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iSVP: an integrated structural variant calling pipeline from high-throughput sequencing data

Mimori Takahiro, Nariai Naoki, Kojima Kaname, Takahashi Mamoru, Ono Akira, Sato Yukuto, Yamaguchi-Kabata Yumi, Nagasaki Masao

BMC SYSTEMS BIOLOGY   7   S8   2013年12月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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A statistical variant calling approach from pedigree information and local haplotyping with phase informative reads

Kojima Kaname, Nariai Naoki, Mimori Takahiro, Takahashi Mamoru, Yamaguchi-Kabata Yumi, Sato Yukuto, Nagasaki Masao

BIOINFORMATICS   29 ( 22 ) 2835 - 2843   2013年11月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Evolutionary Origin of the Scombridae (Tunas and Mackerels): Members of a Paleogene Adaptive Radiation with 14 Other Pelagic Fish Families

Miya Masaki, Friedman Matt, Satoh Takashi P., Takeshima Hirohiko, Sado Tetsuya, Iwasaki Wataru, Yamanoue Yusuke, Nakatani Masanori, Mabuchi Kohji, Inoue Jun G., Poulsen Jan Yde, Fukunaga Tsukasa, Sato Yukuto, Nishida Mutsumi

PLOS ONE   8 ( 9 ) e73535   2013年09月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Transfer RNA gene arrangement and codon usage in vertebrate mitochondrial genomes: a new insight into gene order conservation.

Takashi P Satoh, Yukuto Sato, Naoharu Masuyama, Masaki Miya, Mutsumi Nishida

BMC genomics   11   479   2010年08月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Teleost fish with specific genome duplication as unique models of vertebrate evolution

Yukuto Sato and Mutsumi Nishida

Environmental Biology of Fishes   88   169 - 188   2010年02月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

Electric charge divergence in proteins: insights into the evolution of their three-dimensional properties.

Yukuto Sato, Mutsumi Nishida

Gene   441 ( 1-2 ) 3 - 11   2009年07月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Temporal pattern of loss/persistence of duplicate genes involved in signal transduction and metabolic pathways after teleost-specific genome duplication.

Yukuto Sato, Yasuyuki Hashiguchi, Mutsumi Nishida

BMC evolutionary biology   9   127   2009年06月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Evolution of multiple phosphodiesterase isoforms in stickleback involved in cAMP signal transduction pathway.

Yukuto Sato, Yasuyuki Hashiguchi, Mutsumi Nishida

BMC systems biology   3   23   2009年02月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Post-duplication charge evolution of phosphoglucose isomerases in teleost fishes through weak selection on many amino acid sites.

Yukuto Sato, Mutsumi Nishida

BMC evolutionary biology   7   204   2007年10月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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