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• Identification of potential disease-associated variants in idiopathic generalized epilepsy using targeted sequencing

  Gamirova, R; Shagimardanova, E; Sato, T; Kannon, T; Gamirova, R; Tajima, A

  JOURNAL OF HUMAN GENETICS ( Journal of Human Genetics )  69 ( 2 ) 59 - 67   2024年02月 [ 査読有り ]

  掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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  Many questions remain regarding the genetics of idiopathic generalized epilepsy (IGE), a subset of genetic generalized epilepsy (GGE). We aimed to identify the candidate coding variants of epilepsy panel genes in a cohort of affected individuals, using variant frequency information from a control cohort of the same region. We performed whole-exome sequencing analysis of 121 individuals and 10 affected relatives, focusing on variants of 950 candidate genes associated with epilepsy according to the Genes4Epilepsy curated panel. We identified 168 candidate variants (CVs) in 137 of 950 candidate genes in 88 of 121 affected individuals with IGE, of which 61 were novel variants. Notably, we identified five CVs in known GGE-associated genes (CHD2, GABRA1, RORB, SCN1A, and SCN1B) in five individuals and CVs shared by affected individuals in each of four family cases for other epilepsy candidate genes. The results of this study demonstrate that IGE is a disease with high heterogeneity and provide IGE-associated CVs whose pathogenicity should be proven by future studies, including advanced functional analysis. The low detection rate of CVs in the GGE-associated genes (4.1%) in this study suggests the current incompleteness of the Genes4Epilepsy panel for the diagnosis of IGE in clinical practice.

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• Nutrigenetic Interaction Between Apolipoprotein C3 Polymorphism and Fat Intake in People with Nonalcoholic Fatty Liver Disease

  Reina Yamamoto, Yumie Takeshita, Hiromasa Tsujiguchi, Takayuki Kannon, Takehiro Sato, Kazuyoshi Hosomichi, Keita Suzuki, Yuki Kita, Takeo Tanaka, Hisanori Goto, Yujiro Nakano, Tatsuya Yamashita, Shuichi Kaneko, Atsushi Tajima, Hiroyuki Nakamura, Toshinari Takamura

  Current Developments in Nutrition ( Elsevier BV )  7 ( 4 ) 100051 - 100051   2023年04月 [ 査読有り ]

  掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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• Genetic factors associated with serum amylase in a Japanese population: combined analysis of copy-number and single-nucleotide variants

  Zannatun Nayema, Takehiro Sato, Takayuki Kannon, Hiromasa Tsujiguchi, Kazuyoshi Hosomichi, Hiroyuki Nakamura, Atsushi Tajima

  Journal of Human Genetics ( Springer Science and Business Media LLC )    2023年01月 [ 査読有り ]

  掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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  Abstract Amylase activity and levels in humans are heritable quantitative traits. Although many studies exist on the effects of copy-number variants (CNVs) in amylase genes (AMY) on human phenotypes, such as body mass index (BMI), the genetic factors controlling interindividual variation in amylase levels remain poorly understood. Here, we conducted a genome-wide association study (GWAS) of serum amylase levels (SAL) in 814 Japanese individuals to identify associated single-nucleotide variants (SNVs), after adjusting for non-genetic factors. Diploid copy numbers (CN) of AMY (AMY1, AMY2A, and AMY2B) were measured using droplet digital PCR to examine the association between each diploid CN and SAL. We further assessed the relative contribution of the GWAS-lead SNV and AMY CNVs to SAL. GWAS identified 14 significant SNVs (p < 5 × 10⁻⁸) within a linkage disequilibrium block near the AMY cluster on chromosome 1. The association analyses of AMY CNVs and SAL showed a significant association between AMY1 diploid CN and SAL (p = 1.89 × 10⁻¹⁹), while no significant association with SAL was found for AMY2A CN (p = 0.54) or AMY2B CN (p = 0.15). In a joint association analysis with SAL using the GWAS-lead SNV and AMY1 diploid CN, AMY1 CN remained significant (p = 5.4 ×10⁻¹³), while the association of the lead SNV was marginal (p = 0.08). We also found no association between AMY1 diploid CN and BMI (p = 0.14). Our results indicate that AMY1 CNV is the major genetic factor for Japanese SAL, with no significant association with BMI.

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• Genetic Characteristics Contributing to Lipoprotein(a) Levels in the Japanese Population

  Kan Yamagami, Hayato Tada, Takehiro Sato, Akihiro Nomura, Kenji Sakata, Soichiro Usui, Masa-aki Kawashiri, Atsushi Tajima, Masayuki Takamura

  Journal of Coronary Artery Disease ( The Japanese Coronary Association )  29 ( 4 ) 104 - 108   2023年 [ 査読有り ]

  掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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• RHEB is a potential therapeutic target in T cell acute lymphoblastic leukemia.

  Loc Thi Pham, Hui Peng, Masaya Ueno, Susumu Kohno, Atuso Kasada, Kazuyoshi Hosomichi, Takehiro Sato, Kenta Kurayoshi, Masahiko Kobayashi, Yuko Tadokoro, Atsuko Kasahara, Mahmoud I Shoulkamy, Bo Xiao, Paul F Worley, Chiaki Takahashi, Atsushi Tajima, Atsushi Hirao

  Biochemical and biophysical research communications ( Elsevier BV )  621   74 - 79   2022年09月 [ 査読有り ]

  掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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  T cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) is an aggressive malignancy of immature T lymphocytes. Although various therapeutic approaches have been developed, refractoriness of chemotherapy and relapse cause a poor prognosis of the disease and further therapeutic strategies are required. Here, we report that Ras homolog enriched in brain (RHEB), a critical regulator of mTOR complex 1 activity, is a potential target for T-ALL therapy. In this study, we established an sgRNA library that comprehensively targeted mTOR upstream and downstream pathways, including autophagy. CRISPR/Cas9 dropout screening revealed critical roles of mTOR-related molecules in T-ALL cell survival. Among the regulators, we focused on RHEB because we previously found that it is dispensable for normal hematopoiesis in mice. Transcriptome and metabolic analyses revealed that RHEB deficiency suppressed de novo nucleotide biosynthesis, leading to human T-ALL cell death. Importantly, RHEB deficiency suppressed tumor growth in both mouse and xenograft models. Our data provide a potential strategy for efficient therapy of T-ALL by RHEB-specific inhibition.

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MISC（その他業績・査読無し論文等） 【 表示 ／ 非表示 】

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• 慢性疼痛と血清25水酸化ビタミンD濃度の関連に対するCdx-2遺伝子多型の影響

  鈴木啓太, 辻口博聖, 原章規, ファム キムオアン, 鈴木史彦, 笠原友子, 山田陽平, 中村勝治, 神林康弘, 宮城栄重, グエン ティトゥタオ, 中村治紀, 清水由加里, 坪井宏仁, 佐藤丈寛, 觀音隆幸, 細道一善, 田嶋敦, 中村裕之

  日本予防医学会学術総会プログラム・抄録集   18th (CD-ROM)   2021年  [査読有り]

   

  J-GLOBAL

• 言語や音楽の進化は集団史を反映しているか?

  松前ひろみ, SAVAGE Patrick E, BICKEL Balthasar, CURRIE Thomas E, RANACHER Peter, BLASI Damien, 佐藤丈寛, 田嶋敦, STONEKING Mark, 清水健太郎, 清水健太郎, BROWN Steven, 太田博樹

  日本遺伝学会大会プログラム・予稿集   90th   120   2018年08月

   

  J-GLOBAL

• 地域住民コホートを対象とした認知機能低下に関わるゲノムワイドgene‐set enrichment関連解析

  林幸司, 篠原もえ子, 佐藤丈寛, 觀音隆幸, 細道一善, 田嶋敦, 山田正仁

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集   63rd   359   2018年

   

  J-GLOBAL

• 礼文町浜中2遺跡における考古学調査（2011—2016年度）

  岩波 連, 平澤 悠, 岡田 真弓, 種石 悠, 長沼 正樹, 藤澤 隆史, 蔦谷 匠, 佐藤 丈寛, 深瀬 均, 木村 亮介, 米田 穣, 安達 登, 佐藤 孝雄, 石田 肇, 加藤 博文

  2016年度北海道考古学会遺跡調査報告会資料集     83 - 92   2016年12月

   

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• 古代ゲノム解析による東アジアーシベリア境界領域における人類集団の変遷の解明

  基盤研究(B)

  課題番号: 19H01356

  研究期間: 2019年04月  -  2024年03月 

  代表者: 佐藤 丈寛 

  直接経費: 13,300,000（円）  間接経費: 17,290,000（円）  金額合計: 3,990,000（円）

• 古代ゲノムで解明するバイカル地域人類集団の変遷

  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

  課題番号: 18KK0201

  研究期間: 2018年10月  -  2021年03月 

  代表者: 木村 亮介, 佐藤 丈寛, 小金渕 佳江, 石田 肇 

  直接経費: 13,800,000（円）  間接経費: 17,940,000（円）  金額合計: 4,140,000（円）

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  本研究課題では、新モンゴロイド的形質の起源地と考えられる北アジア地域に注目し、バイカル湖周辺における先史時代から現代にかけての人類集団の変遷を復元することを目的とする。そのために、①最新の三次元形態解析手法を用いて頭蓋形態の時代変化を明らかにする。②古人骨のゲノム解析を行い、これまでの現代人および古代人ゲノムと比較することにより、遺伝的成分の地域差および時代変遷を明らかにし、形態データとの関連について検討する。③さらに、歯石のDNA解析および骨の炭素・窒素安定同位体分析により、当時の食性を明らかにし、文化や生業についての知見を得る。 本年度は、予備研究において古代DNA解析が可能であることが示された試料から、8試料を選び骨片からコラーゲンを抽出し、accelerator mass spectrometry（AMS）法を用いて放射性炭素年代測定を行った。IntCal13較正曲線をもちいて、較正年代を算出した結果、新石器時代、青銅器時代、鉄器時代、中世の各時代、およそ8000年前－800年前の人骨が含まれていることを確認した。 また、20個体の試料について、次世代シーケンシングによる全ゲノム解析を行うために、出来る限り複数のライブラリーの作成を行った。合計で100個以上の古人骨DNAライブラリーを得て、Agilent 2100バイオアナライザなどを用いて濃度や断片長などのクオリティのチェックを行った。今後、次世代シーケンサ―を用いたシーケンシング解析を進め、複数個体のゲノムデータを得た後、集団遺伝学解析を行うことで、集団の時代変遷を明らかにしていく。

• 古代人ゲノム配列解析にもとづくヤポネシア人進化の解明

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  課題番号: 18H05507

  研究期間: 2018年06月  -  2023年03月 

  代表者: 篠田 謙一, 佐藤 丈寛, 安達 登, 角田 恒雄, 神澤 秀明 

  直接経費: 75,600,000（円）  間接経費: 98,280,000（円）  金額合計: 22,680,000（円）

• 西日本出土古人骨に対するゲノム解析の可能性調査

  基盤研究(C)

  課題番号: 15K07240

  研究期間: 2015年04月  -  2018年03月 

  代表者: 佐藤 丈寛, Hudson Mark, 覚張 隆史, 深瀬 均 

  直接経費: 3,900,000（円）  間接経費: 5,070,000（円）  金額合計: 1,170,000（円）

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  日本人の起源を探るには先史時代人骨からゲノム情報を取得し、集団の遺伝的特徴の時間変化を知ることが重要である。本研究では、日本列島の中で古人骨ゲノムデータが不足している関西から琉球列島にかけての遺跡から出土した古人骨について、ゲノム解析に耐えうるDNAの保存状態を有している試料の選別を試みた。 古人骨からDNAを抽出するためには数百mgの骨粉が必要となるが、そのような試料の大きな破壊を伴わずにDNAの保存状態を推測するため、まずアスパラギン酸のラセミ化率を測定した。ラセミ化率が良好な値を示した試料のみからDNAを抽出することで、試料の破壊を最小限に留めながら、スクリーニングを行うことができた。

• ヒトの体毛分布に関する遺伝子探索と進化学研究

  特別研究員奨励費

  課題番号: 13J02544

  研究期間: 2013年04月  -  2016年03月 

  代表者: 佐藤 丈寛 

  直接経費: 3,900,000（円）  間接経費: 4,680,000（円）  金額合計: 780,000（円）

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  クオリティーコントロール後のゲノムワイドSNPデータに対して、1000ゲノム計画のJPTとCHBを参照パネルに用いたインピュテーションを行い、約530万SNPsのデータを得た。前腕の毛の濃さを5段階に分類したデータを表現型データとして、線形回帰モデルによる関連解析を行った。データセットはゲノムワイドSNPデータを用いた主成分分析の結果から、k-means法を用いて本土セットと琉球セットに分割し、それぞれのデータセットに対して再び主成分分析を行って上位10主成分得点を得た。得られた主成分得点と年齢を共変数に用いて重回帰分析を行った後、メタ解析により結果を統合した。結果として、6番染色体のETV7遺伝子上にゲノムワイド有意水準を満たすSNPを検出した。 検出されたSNPのアリル頻度は本土と琉球の間でほとんど差が無かったため、このSNPが本土集団と琉球集団の体毛の濃さの違いを説明しているとは考えられないが、Human Genome Diversity projectのデータによると、ネイティブアメリカン集団において派生型アリルの頻度が顕著に高いことが分かった。ネイティブアメリカンは非常に薄い体毛をもつことが人類学分野では古くから知られており、この特徴が本研究で検出されたSNPによって部分的に説明できるかもしれない。ネイティブアメリカン集団において、当該領域に対する自然選択が作用した可能性を検証したが、正の自然選択が作用した痕跡は検出できなかった。 ETV7と体毛の関係についてはこれまでのところ報告されていないが、ETV7と相互作用するIRF4は毛髪の色と関連することが知られており、ETV7が何らかの形で体毛の濃さに影響を与えている可能性は十分考えられる。