論文 - 佐藤　行人

Comparing local- and regional-scale estimations of thediversity of stream fish using eDNA metabarcoding and conventional observation methods

Hikaru Nakagawa, Satoshi Yamamoto, Yukuto Sato, Tetsuya Sado, Toshifumi Minamoto, Masaki Miya

Freshwater Biology   63 ( 6 ) 569 - 580   2018年02月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 15K18590, 17K19298

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Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis 'Somei-yoshino' across the Japanese archipelago.

Ohta T, Kawashima T, Shinozaki NO, Dobashi A, Hiraoka S, Hoshino T, Kanno K, Kataoka T, Kawashima S, Matsui M, Nemoto W, Nishijima S, Suganuma N, Suzuki H, Taguchi YH, Takenaka Y, Tanigawa Y, Tsuneyoshi M, Yoshitake K, Sato Y, Yamashita R, Arakawa K, Iwasaki W

Journal of Plant Research     2018年02月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Identification of somatic mutations in postmortem human brains by whole genome sequencing and their implications for psychiatric disorders.

Nishioka M, Bundo M, Ueda J, Katsuoka F, Sato Y, Kuroki Y, Ishii T, Ukai W, Murayama S, Hashimoto E, Nagasaki M, Yasuda J, Kasai K, Kato T, Iwamoto K

Psychiatry and clinical neurosciences     2017年12月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Environmental DNA enables detection of terrestrial mammals from forest pond water

Masayuki Ushio, Hisato Fukuda, Toshiki Inoue, Kobayashi Makoto, Osamu Kishida, Keiichi Sato, Koichi Murata, Masato Nikaido, Tetsuya Sado, Yukuto Sato, Masamichi Takeshita, Wataru Iwasaki, Hiroki Yamanaka, Michio Kondoh, and Masaki Miya

Molecular Ecology Resources   17 ( 6 ) e63 - e75   2017年11月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 15K18590, 17K19298

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Environmental DNA metabarcoding reveals local fish communities in a species-rich coastal sea.

Satoshi Yamamoto, Reiji Masuda, Yukuto Sato, Tetsuya Sado, Hitoshi Araki, Michio Kondoh, Toshifumi Minamoto and Masaki Miya

Scientific Reports   7   40368   2017年01月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 15K18590, 17K19298

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Monitoring of minimal residual disease in early T-cell precursor acute lymphoblastic leukaemia by next-generation sequencing.

Xiaoqing Pan, Naoki Nariai, Noriko Fukuhara, Sakae Saito, Yukuto Sato, Fumiki Katsuoka, Kaname Kojima, Yoko Kuroki, Inaho Danjoh, Rumiko Saito, Shin Hasegawa, Yoko Okitsu, Aiko Kondo, Yasushi Onishi, Fuji Nagami, Hideyasu Kiyomoto, Atsushi Hozawa, Nobuo Fuse, Masao Nagasaki, Ritsuko Shimizu, Jun Yasuda, Hideo Harigae, Masayuki Yamamoto

British Journal of Haematology   176 ( 2 ) 318 - 321   2017年01月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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環境DNA解析のインパクト

岩崎渉, 佐藤行人, 源利文, 山中裕樹, 荒木仁志, 宮正樹

実験医学   34 ( 1 ) 103 - 107   2016年01月

掲載種別: 研究論文（その他学術会議資料等）

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  J-GLOBAL

Comparison of Boiling and Robotics Automation Method in DNA Extraction for Metagenomic Sequencing of Human Oral Microbes.

Junya Yamagishi, Yukuto Sato, Natsuko Shinozaki, Bin Ye, Akito Tsuboi, Masao Nagasaki, and Riu Yamashita

PloS one   11 ( 4 ) e0154389   2016年 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Rapid genome reshaping by multiple-gene loss after whole-genome duplication in teleost fish suggested by mathematical modeling.

Jun Inoue, Yukuto Sato, Robert Sinclair, Katsumi Tsukamoto and Mutsumi Nishida

PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)   112 ( 48 ) 14918 - 23   2015年12月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 22770237, 24770070

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Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals.

Nagasaki M, Yasuda J, Katsuoka F, Nariai N, Kojima K, Kawai Y, Yamaguchi-Kabata Y, Yokozawa J, Danjoh I, Saito S, Sato Y, Mimori T, Tsuda K, Saito R, Pan X, Nishikawa S, Ito S, Kuroki Y, Tanabe O, Fuse N, Kuriyama S, Kiyomoto H, Hozawa A, Minegishi N, Douglas Engel J, Kinoshita K, Kure S, Yaegashi N, ToMMo Japanese Reference Panel Project., Yamamoto M

Nature communications   6   8018   2015年08月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: Detection of >230 subtropical marine species

Masaki Miya, Yukuto Sato, Tsukasa Fukunaga, Tetsuya Sado, Keiichi Sato, Toshifumi Minamoto, Satoshi Yamamoto, Hiroaki Yamanaka, Hitoshi Araki, Michio Kondoh, Wataru Iwasaki

Royal Society Open Science   2   150088   2015年07月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

関連する研究費コード: 15K18590

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Estimating copy numbers of alleles from population-scale high-throughput sequencing data.

Mimori T, Nariai N, Kojima K, Sato Y, Kawai Y, Yamaguchi-Kabata Y, Nagasaki M

BMC bioinformatics   16 Suppl 1   S4   2015年

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Inter-Individual Differences in the Oral Bacteriome Are Greater than Intra-Day Fluctuations in Individuals.

Yukuto Sato, Junya Yamagishi, Riu Yamashita, Natsuko Shinozaki, Bin Ye, Takuji Yamada, Masayuki Yamamoto, Masao Nagasaki, and Akito Tsuboi

PloS one   10 ( 6 ) e0131607   2015年 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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iJGVD: an integrative Japanese genome variation database based on whole-genome sequencing.

Yumi Yamaguchi-Kabata, Naoki Nariai, Yosuke Kawai, Yukuto Sato, Kaname Kojima, Minoru Tateno, Fumiki Katsuoka, Jun Yasuda, Masayuki Yamamoto, Masao Nagasaki

Human genome variation   2   15050   2015年 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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HLA-VBSeq: accurate HLA typing at full resolution from whole-genome sequencing data.

Nariai N, Kojima K, Saito S, Mimori T, Sato Y, Kawai Y, Yamaguchi-Kabata Y, Yasuda J, Nagasaki M

BMC genomics   16 Suppl 2   S7   2015年

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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TIGAR2: sensitive and accurate estimation of transcript isoform expression with longer RNA-Seq reads

Nariai Naoki, Kojima Kaname, Mimori Takahiro, Sato Yukuto, Kawai Yosuke, Yamaguchi-Kabata Yumi, Nagasaki Masao

BMC GENOMICS   15   S5   2014年12月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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SUGAR: graphical user interface-based data refiner for high-throughput DNA sequencing

Yukuto Sato, Kaname Kojima, Naoki Nariai, Yumi Yamaguchi-Kabata, Yosuke Kawai, Mamoru Takahashi, Takahiro Mimori and Masao Nagasaki

BMC Genomics   15   664   2014年12月 [ 査読有り ]

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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Validation of multiple single nucleotide variation calls by additional exome analysis with a semiconductor sequencer to supplement data of whole-genome sequencing of a human population

Motoike Ikuko N., Matsumoto Mitsuyo, Danjoh Inaho, Katsuoka Fumiki, Kojima Kaname, Nariai Naoki, Sato Yukuto, Yamaguchi-Kabata Yumi, Ito Shin, Kudo Hisaaki, Nishijima Ichiko, Nishikawa Satoshi, Pan Xiaoqing, Saito Rumiko, Saito Sakae, Saito Tomo, Shirota Matsuyuki, Tsuda Kaoru, Yokozawa Junji, Igarashi Kazuhiko, Minegishi Naoko, Tanabe Osamu, Fuse Nobuo, Nagasaki Masao, Kinoshita Kengo, Yasuda Jun, Yamamoto Masayuki

BMC GENOMICS   15   673   2014年08月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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iSVP: an integrated structural variant calling pipeline from high-throughput sequencing data

Mimori Takahiro, Nariai Naoki, Kojima Kaname, Takahashi Mamoru, Ono Akira, Sato Yukuto, Yamaguchi-Kabata Yumi, Nagasaki Masao

BMC SYSTEMS BIOLOGY   7   S8   2013年12月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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A statistical variant calling approach from pedigree information and local haplotyping with phase informative reads

Kojima Kaname, Nariai Naoki, Mimori Takahiro, Takahashi Mamoru, Yamaguchi-Kabata Yumi, Sato Yukuto, Nagasaki Masao

BIOINFORMATICS   29 ( 22 ) 2835 - 2843   2013年11月

掲載種別: 研究論文（学術雑誌）

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